ESTGL - DICCF - Artigo em revista científica, não indexada ao WoS/Scopus
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- Análise de repetições em dados biológicosPublication . Lousado, José; Oliveira, JoséThe decoding of the genomes has created new challenges on the scientific community linked to the area of computation and information technologies. Daily, new data is added to numerous databases with billions of records, coming from more advanced equipment, helping in decoding the genomes. Determine how important and relevant are these data in order to find value-added information and obviously turn them into knowledge,is the main challenge for the bioinformatics research community. The analysis of genomes and proteomes of several organisms allow us to observe the behaviour at the evolution of species. In this study, our focus goes to a particular aspect of this analysis: the repetition of some codons and their amino acids inside several orthologous genes in eukaryotic organisms. Belonging to different stages of evolution, the main objective focuses on achieving results on the evolution of these repetitions over millions of years. We now know that these repetitions in humans are the source of several neurodegenerative diseases among others. This analysis will verify the conservation or repression, of these repetitions throughout the process of speciation as well at the level of relationship that may exist between these repetitions and those diseases. For this study we have developed an algorithm for A descodificação dos genomas veio criar novos desafios na comunidade científica ligada à área da computação e da informática. Diariamente são alimentadas inúmeras bases de dados com biliões de registos provenientes de equipamentos cada vez mais evoluídos, que auxiliam na descodificação dos genomas. Determinar o quão importante e relevante são esses dados, de forma a retirar valor acrescentado – informação, e obviamente transformá-los em conhecimento, é o grande desafio actual para a comunidade de investigadores de bioinformática. A análise de genomas, bem como dos proteomas dos vários organismos permitem-nos observar o comportamento ao nível da evolução das espécies. Neste estudo focamos a atenção num aspecto particular dessa análise: as repetições de determinados codões e dos respectivos aminoácidos nos vários organismos eucariotas, especificamente em genes ortólogos. Pertencente a várias fases da evolução das espécies, o objectivo principal centra-se na obtenção de resultados quanto à evolução dessas repetições ao longo de milhões de anos. Sabemos hoje que essas repetições no ser humano são a causa de diversas doenças neuro-degenerativas, entre outras, pelo que esta análise permitirá verificar o estado de conservação ou repressão, dessas repetições ao longo do processo de especiação, bem como ao nível do relacionamento que poderá existir entre essas repetições e as doenças nos seres superiormente evoluídos. Para este estudo foi desenvolvido um algoritmo de detecção de padrões de repetição, que possibilita uma análise detalhada da localização de uma determinada sequência, bem como das sequências que melhor se ajustam ao padrão de repetição inicial.
- Células de combustívelPublication . Santos, Fernando António Castilho Mamede dos; Santos, Fernando Miguel Soares Mamede dosNa actualidade o consumo global de energia eléctrica é de 14 triliões de quilowathora, no ano 2020 prevê-se que deverá ser de 22. Os combustíveis fósseis são um bem escasso, na posse de apenas alguns países, que cada vez se vão tornando mais caros e cuja utilização liberta poluentes. Neste contexto, ter-se-á de encontrar uma forma alternativa e competitiva de produzir energia (eléctrica) que possa vir a substituir os combustíveis fósseis gradualmente. Esta pode estar nas células de combustível.
- Codon-triplet context unveils unique features of the Candida albicans protein coding genomePublication . Moura, Gabriela; Lousado, José; Pinheiro, Miguel; Carreto, Laura; Silva, Raquel; Oliveira, José; Santos, ManuelBACKGROUND: The evolutionary forces that determine the arrangement of synonymous codons within open reading frames and fine tune mRNA translation efficiency are not yet understood. In order to tackle this question we have carried out a large scale study of codon-triplet contexts in 11 fungal species to unravel associations or relationships between codons present at the ribosome A-, P- and E-sites during each decoding cycle. RESULTS: Our analysis unveiled high bias within the context of codon-triplets, in particular strong preference for triplets of identical codons. We have also identified a surprisingly large number of codon-triplet combinations that vanished from fungal ORFeomes. Candida albicans exacerbated these features, showed an unbalanced tRNA population for decoding its pool of codons and used near-cognate decoding for a large set of codons, suggesting that unique evolutionary forces shaped the evolution of its ORFeome. CONCLUSION: We have developed bioinformatics tools for large-scale analysis of codon-triplet contexts. These algorithms identified codon-triplets context biases, allowed for large scale comparative codon-triplet analysis, and identified rules governing codon-triplet context. They could also detect alterations to the standard genetic code.
- Combustível "hidrogénio"Publication . Santos, Fernando Miguel; Santos, Fernando AntónioA partir da primeira crise petrolífera, na década de 70, passou-se a considerar o hidrogénio como uma possível fonte de energia, através da conversão electroquímica, usando células de combustível, que até então tinham como grande aplicação prática a utilização em missões espaciais. O hidrogénio pode ser considerado como uma fonte de energia intermédia, sendo necessário produzi-lo, transportá-lo e armazená-lo antes de o usar. É ainda preciso encontrar soluções tecnologicamente eficientes, económicas e seguras para o seu manuseamento. O hidrogénio é um combustível leve, mas com baixa densidade de massa por m 3 No entanto, sendo o . combustível de utilização mais eficiente, na prática, a relação de volume entre o hidrogénio e os combustíveis convencionais não lhe é assim tão desfavorável.
- Geração distribuída versus centralizadaPublication . Santos, Fernando António; Santos, Fernando MiguelA geração distribuída (GD) pode ser uma boa alternativa às formas tradicionais de produção de energia eléctrica, para as diversas aplicações. As tecnologias recentes têm permitido que se construam geradores de dimensões bastante reduzidas, muito eficientes, seguros, fáceis de adquirir e de operar. A geração distribuída devido às suas características pode oferecer um custo de produção mais baixo e qualidade de energia mais elevada do que um consumidor poderá obter da rede. Noutros casos a combinação de geração distribuída com a centralizada pode ser uma boa opção (ex: geradores de emergência para a falta de fornecimento e ou limitação dos picos ou da ponta pedida à rede). Mas também existem locais remotos, isolados, em que a geração distribuída poderá ser a única alternativa económica disponível.